Джуни и его старшая сестра Кармен еще предыдущими своими приключениями доказали, что они не только могут помогать своим родителям-шпионам, но и могут самостоятельно справляться с делами, достойными настоящих шпионов.На этот раз не их родителям, Грегорио и Ингрид, а самим Джуни и Кармен предстоит выполнить новое задание.

Они отправляются на таинственный остров, где один ученый-изобретатель создает сверхъестественные существа. Джуни и Кармен должны остановить безумного злодея, однако в этом задании у них есть конкуренты — брат и сестра Гари и Герти. У этих двух конкурирующих шпионских дуэтов одна цель — найти и уничтожить устройство, которое может нанести непоправимый вред всему миру.

Это задание оказывается слишком сложным для юных шпионов, которым на помощь приходят их родители и дедушка с бабушкой...

Интересные факты о фильме:

- Еще задолго до премьеры первой части фильма было объявлено о съемках продолжения картины. Причем название было оговорено сразу.
- Роберт Родригез в своем интервью заявил, что продолжение будет намного масштабнее чем оригинал, но фактически стоить будет меньше. Эта более дешевая стоимость производства появилась благодаря спецэффектам, о которых он узнал при создании первого фильма. Он также планирует снизить стоимость за счет цифровых камер.
- Сразу после съемок "Детей шпионов 2" Р. Родригез приступил к "Однажды в Мексике".